Cargando...

trabajos

BIA dictó el curso “Bioinformática traslacional. Aplicaciones en la genómica clínica.” en el Hospital de Pediatría S.A.M.I.C “Prof. Dr. Juan P. Garrahan”

Durante los meses de junio, julio y agosto de 2015 BIA brindó el curso “Bioinformática traslacional. Aplicaciones en la genómica clínica.” en el Hospital Garrahan, el cual contó con la asistencia de aproximadamente 50 profesionales del mismo centro, del Hospital de Niños “Dr. P. Gutierrez” y del Hospital El Cruce “Nestor Carlos Kirchner”. El mismo consistió tanto en clases teóricas como prácticas, las cuales trataron temas como secuenciación de genomas humanos, procesamiento de las muestras secuenciadas, hallazgo de variantes (SNPs e INDELs) y priorización de variantes de acuerdo a criterios clínicos, entre otros temas.

BIA dictó el curso “Bioinformática traslacional. Aplicaciones en la genómica clínica.” en el Hospital de Pediatría S.A.M.I.C “Prof. Dr. Juan P. Garrahan”

Servicio de Análisis de Quasiespecies Virales para el IPAVE

El nodo de Bio Data Mining, dirigido por el Dr. Elmer Fernández en la Universidad Católica de Córdoba, realizó el servicio de análisis de quasiespecies virales para el Instituto de Patología Vegetal (IPAVE), Centro de Investigaciones Agropecuarias CIAP, INTA. El mismo consistió en la exploración y control de calidad de la secuenciación de un virus, creación de un protocolo de trabajo, instalación y configuración de los programas necesarios para el análisis de quasiespecies y generación de gráficas acordes para mostrar variantes genómicas resultantes del proceso. Asimismo, se realizó una capacitación a las investigadoras del Instituto.

Pasantía de Microarreglos de ADN para el Instituto Leloir

El Nodo de Biodatamining, dirigido por el Dr. Elmer A. Fernández en la Universidad Católica de Cordoba, ha realizado un asesoramiento y capacitación al Laboratorio de Terapia Molecular y Celular, Instituto Leloir, dirigido por el Dr. Osvaldo Podhajcer desde el 16/03/2015 al 18/03/2015. Las tareas realizadas consistieron en la exploración de los archivos de microarreglos de ADN, el análisis de calidad de genes diferenciales para distintos niveles de tratamiento, la capacitación en interpretación de resultados, el diseño de flujos de trabajo para los diferentes programas, la generación de gráficas de visualización de resultados y la entrega de resultados analizables.

Caracterización del genoma de Puccinia sorghi.

Se llevó a cabo la anotación y caracterización del genoma de Puccinia sorghi (especie de hongo endémico en Argentina, agente causal de la Roya común del maíz) en diversos aspectos de interés: estimación del tamaño genómico, predicción de genes y anotación funcional, detección de ortólogos y clasificación en ontologías, predicción de ncRNAs de diversos tipos, análisis y anotación de regiones repetitivas, predicción de secretoma, análisis de sintenia, verificación de calidad de ensamblado y predicciones, comparación respecto de las puccinias anotadas más relacionadas (Puccinia graminis, Puccinia striiformis y Puccinia triticina, causantes de diversas royas en el trigo). Proyecto realizado para el Instituto de Genética “Ewald A. Favret”, CICVyA-INTA.

Caracterización del genoma de Puccinia sorghi.

Sistema Informático de Secuencias Genéticas de HIV (SISGEN – HIV)

El Sistema Informático de Secuencias Genéticas (SISGEN – HIV) es una herramienta bioinformática desarrollada para el Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus del Hospital Garrahan.
El objetivo principal es poder vincular la información de datos clínicos con datos de secuencias, de tratamientos y de SNPs de niños infectados con HIV. El sistema permite cargar y hacer uso de esa información mediante las búsquedas por distintos criterios y la visualización amigable de los resultados.
En el laboratorio de retrovirus se realizan diversos estudios (estudios genotípicos de resistencia a los antirretrovirales, estudio de datos de laboratorio, análisis de polimorfismos), los cuales se encontraban almacenados en variados formatos y sistemas (como ser planillas Excel, bases Access e incluso en el sistema interno del Hospital). Con la nueva herramienta se logró centralizar y organizar toda la información, permitiendo vincular los datos de los distintos módulos fácilmente y automatizar la comunicación con bases de datos externas (HIV Sequence Locator de Los Alamos y HIV Drug Resistance Database de Stanford University) y con el sistema propio del Hospital. Más información.

Sistema Informático de Secuencias Genéticas de HIV (SISGEN – HIV)